จากผลการปฏิรูประบบราชการ ตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 ซึ่งมีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 3 ตุลาคม 2545 และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้องเป็นลำดับได้แก่พระราชกฤษฎีกาโอนกิจการบริหารและอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุง กระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 และพระราชกฤษฎีกาแก้ไขบทบัญญัติให้สอดคล้องกับการโอนอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 ตลอดจนกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พ.ศ. 2545 กำหนดให้มีหน่วยงาน “สำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 1 – 16”  เป็นหน่วยงานราชการบริหารส่วนกลางที่มีสถานที่ตั้งอยู่ในภูมิภาคและเป็นส่วนราชการระดับสำนัก เป็นการโอนกิจการบริหารและอำนาจหน้าที่ของสองส่วนราชการมารวมกันคือ ศูนย์อนามัยสิ่งแวดล้อมเขต 1 - 12 (เฉพาะภารกิจสิ่งแวดล้อม) กรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข และสำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 1 – 12  สังกัดสำนักงานโนบายและแผนสิ่งแวดล้อม กระทรวงวิทยาศาสตร์เทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม มาจัดตั้งเป็น “สำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 1 – 16” โดยมีภารกิจในการจัดทำแผนจัดการคุณภาพสิ่งแวดล้อมภาค  จัดทำระบบฐานข้อมูล  ประสานระหว่างหน่วยงานตลอดจนการติดตาม ประเมินผลการดำเนินงาน  สนับสนุนด้านวิชาการและส่งเสริมศักยภาพการดำเนินงานของท้องถิ่นในการติดตามตรวจสอบคุณภาพสิ่งแวดล้อม  เฝ้าระวังมลพิษสิ่งแวดล้อมและแก้ปัญหาสิ่งแวดล้อมส่งเสริมการมีส่วนร่วมของประชาชนและสร้างเครือข่าย  รวมทั้งพัฒนารูปแบบการจัดการสิ่งแวดล้อมบนพื้นฐานภูมิปัญญาท้องถิ่นหรือพัฒนาเทคโนโลยีสิ่งแวดล้อมให้เหมาะสมกับสภาพท้องถิ่น  ซึ่งเป็นการจัดแบ่งพื้นที่รับผิดชอบตามลุ่มน้ำ ดังนี้